Apse and Stained Glass of Local Saints
The 1950 stained glass windows are the work of master glassmaker Labouret. On the north side, scenes from the lives of Saint Reine, Jeanne de Chantal, and Catherine Labouré are depicted, and on the south side, the stained glass is dedicated to Saint Bénigne, Jean de Réome, Dom Paul Charles, and Father Tixier.
Le déambulatoire est éclairé par des baies simples, et celles situées entre les chapelles Saint-Joseph ➚ et de la Vierge ➚ datent du milieu du XIXe. En effet, jusqu’à cette date, il y avait une chapelle Renaissance. Dédiée à Notre-Dame de Pitié, elle a porté le nom des Espiards avant de prendre, comme son nom l’indique sur un plan de l’église datant de 1788, le nom de chapelle des Bourgeois. Une reproduction de son entrée dans deux tableaux d’E. Nesle, peints en 1844 (dépôt du musée des Beaux-Arts de Dijon au musée de Semur-en-Auxois) et 1849 montrent les détails du décor et sont un ultime témoignage de la présence de cette chapelle qui est détruite en 1845. Eugène Viollet-le-Duc motiva son choix de la supprimer par l’intention de redonner la forme et l’équilibre architectural du chevet de l’église avec ses trois chapelles primitives édifiées dans le premier quart du XIIIe siècle.
Par ailleurs, c’est de cette chapelle que proviennent deux panneaux de bois du XVe représentant « L’Adoration des Mages » et « la Circoncision » et portant la devise « Tout se change, tout a changé » et qui font aujourd’hui partie des collections du musée municipal.
Les vitraux actuels sont les plus récents de l’église, ils ont été réalisés en 1949 par le maître-verrier Auguste Labouret, artisan prolifique et très réputé, sur une commande de l’abbé Anatole Contant. Financés en partie par la générosité des paroissiens, ils mettent en valeur des figures de saintes et saints locaux.
Entre les chapelles Saint-Joseph et de la Vierge, figurent les saintes de l’Auxois.
Avec Reine, martyre d’Alésia (IVe siècle) et dont le culte est toujours célébré dans le village d’Alise-Sainte-Reine.
La baie du milieu est consacrée à Jeanne de Chantal, fondatrice de l’Ordre de la Visitation Sainte-Marie (1572-1641). Fille de Bénigne Frémiot, président du Parlement de Bourgogne, elle s’était mariée au château de Bourbilly situé à une dizaine de kilomètres de Semur avec Christophe de Rabutin, ce qui explique l’ancrage local et la place qui lui est réservée dans la composition de la baie.
Quant à la troisième lancette, elle est consacrée à Catherine Labourée (1806-1876), originaire de Fain-lès-Moutiers, village situé à quelques kilomètres de Semur-en-Auxois. La jeune femme, religieuse de la congrégation des Filles de la Charité, est visitée par des apparitions de la Vierge qui lui demande de faire frapper une médaille à son effigie qui protégera ceux qui la porteront. Cette médaille miraculeuse très largement diffusée encore aujourd’hui fait partie de la dévotion mariale. Catherine Labourée est canonisée en 1947.

Situées entre la chapelle de la Vierge et la chapelle Saint-Éloi, les autres verrières sont consacrées aux saints bourguignons.
La première lancette évoque la vie de saint Jean de Réome (V-VIe), fondateur d’une communauté monastique tout d’abord située à Corsaint et qui fut ensuite déplacée à Moutiers-Saint-Jean. L’abbaye est considérée comme étant la plus ancienne de Bourgogne.
La lancette centrale met en scène saint Bénigne. Évangélisateur de la Gaule avec notamment saint Andoche, saint Thyrse et saint Andéol, il rassemble les chrétiens dijonnais en bénissant deux oratoires souterrains. Martyrisé vers 178, il fait l’objet d’un culte important. C’est sur son supposé tombeau qu’est édifié au VIe siècle par Grégoire de Langres une basilique qui deviendra une abbaye puis plus tard une cathédrale.
Quant à la dernière lancette, elle est consacrée à Dom Paul Charles (1743-1794) originaire de Millery qui fut prieur de Sept-Fons dans l’Allier. Durant la période révolutionnaire, il est déporté sur les pontons de Rochefort, il meurt à l’île d’Aix. L’autre personnage représenté est le révérend père Tixier, carme au couvent de Semur-en-Auxois, qui sera également déporté et mourra sur les pontons.